A investigação e inovação são fatores chave para o desenvolvimento da competitividade, produtividade e crescimento das economias desenvolvidas. Para a sua promoção os governos desenvolvem políticas públicas de fomento à inovação, como a criação de programas colaborativos de investigação através de financiamentos diretos à execução de projetos que impactem, diretamente, a competitividade do tecido empresarial e, no geral, a competitividade da economia nacional. Este impacto apenas será sentido se a execução destes projetos for bem sucedida. No entanto, e apesar de se verificar que estes projetos colaborativos de I&D representam atualmente uma parte significativa do portfólio de inovação de muitas empresas, os mesmos nem sempre alcançam os resultados pretendidos, diminuindo o impacto esperado destas políticas na economia. A presente dissertação visa avaliar a efetividade e eficiência dos projetos colaborativos de I&D cofinanciados por fundos públicos em Portugal, através da aplicação de Metodologias de Gestão de Projetos. Para o efeito efetuaram-se 38 entrevistas a empresas beneficiárias de financiamento público em projetos colaborativos de I&D e a entidades responsáveis pela monitorização e acompanhamento desses projetos e cruzaram-se ineficiências identificadas com recomendações de mitigação. Com base nos resultados obtidos, verificou-se que, apesar de existirem referências à gestão de projeto, não existe uma aplicação rigorosa de metodologias por parte das empresas, nem a promoção da sua aplicação por parte das entidades responsáveis. Neste sentido foram definidas algumas recomendações, que as entidades responsáveis e as empresas podem conjuntamente implementar para melhorar a gestão de projeto.