Actualmente, a prestação de cuidados de saúde vive sob uma pressão crescente no sentido de melhorar a sua performance, controlando os custos da prestação desses serviços enquanto, simultaneamente, é garantida uma elevada qualidade do serviço e um cada vez melhor acesso aos cuidados prestados. Assim, avaliar a eficiência das empresas no ramo da saúde é essencial, e das farmácias em particular, tendo em conta as recentes pressões político-legislativas que o sector atravessa. Neste estudo pretende-se mensurar a eficiência económico-financeira das farmácias em Portugal utilizando uma amostra representativa. Um dos contributos da presente dissertação reside na escolha da metodologia mais adequada para a problemática avaliada – a DEA (complementada pelos rácios económico-financeiros) – após uma minuciosa confrontação conceptual. Porém, não está provada a superioridade de nenhuma das principais abordagens e a utilidade destas depende da natureza dos dados obtidos e do tipo de sector em análise. Conclui-se que as farmácias (n=365) são eficientes quando comparadas entre si, no modelo DEA-VRS, dado não se verificar um distanciamento elevado entre a unidade com maior e menor eficiência. Adicionalmente, os resultados verificados nos rácios económico-financeiros são geralmente superiores à média nacional. Através de um exercício de extrapolação largo, é de supor que a eficiência verificada neste sector seja mais alta que na generalidade das empresas portuguesas. Realça-se igualmente que as regressões aplicadas aos scores de eficiência não revelaram variáveis explicativas (exógenas) relevantes, excepção feita à Tipologia das Áreas Urbanas – as farmácias em freguesias predominantemente urbanas tendem a ser menos eficientes que as suas congéneres rurais.