A oferta formativa ao nível dos doutoramentos abrange um vasto leque de áreas científicas, desde as tradicionais às emergentes. Alguns destes programas são oferecidos em associação com universidades nacionais e estrangeiras. Os estudantes de doutoramento têm a possibilidade de participar ativamente em projetos de investigação nacionais e internacionais, desenvolvidos nos centros de investigação da universidade.

Os programas de doutoramento integram a realização de um curso de doutoramento constituído por unidades curriculares dirigidas à formação para a investigação, e a elaboração de uma tese original especialmente para este fim, adequada à natureza do ramo de conhecimento ou da especialidade, ou a compilação de um conjunto coerente e relevante de trabalhos de investigação.