O Iscte promove os mais elevados padrões de integridade na investigação. Desde 2011 que estabeleceu uma Comissão de Ética (CE).

A CE é um órgão consultivo composto por três membros peritos em questões de ética nas áreas da educação, da investigação científica, e dos serviços e funcionamento de uma instituição. Cabe à CE a aplicação dos princípios gerais e orientações práticas descritas no Código de Conduta na Investigação, datado de 2016. Os investigadores devem pedir à Reitora uma deliberação da CE para obterem apoio ético, relativamente a questões associadas à sua atividade de pesquisa.