Em 2017, o Iscte iniciou o processo de avaliação institucional junto da A3ES. Este processo representa o fecho de um primeiro ciclo regular de avaliação/acreditação de todos os ciclos de estudos que se encontravam em funcionamento.

O processo de avaliação institucional obedece aos objetivos consagrados na lei: proporcionar a melhoria da qualidade das instituições de ensino superior, prestar informação fundamentada à sociedade sobre o desempenho das instituições e desenvolver uma cultura institucional interna de garantia de qualidade. 

A visita da Comissão de Avaliação Externa (CAE) decorreu nos dias 24 e 25 de maio de 2018 e, por decisão do Conselho de Administração da Agência de 05 de setembro de 2018, o Iscte foi acreditado por um período máximo previsto de seis anos, sem qualquer restrição.

Em 2023, foi iniciado um novo o período de avaliação institucional do Iscte pela Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior (A3ES). Os anteriores ciclos de avaliação incluíram a acreditação de ciclos de estudos em funcionamento (2011-2015 e 2017-2021), a avaliação institucional (2016) e a certificação do Sistema Integrado de Gestão da Qualidade (2014-2022).

A avaliação institucional incidiu sobre os diversos domínios da missão e atividade do Iscte: estratégia e governança; ensino; investigação e transferência de conhecimento; internacionalização e cooperação, e recursos (humanos, físicos e financeiros). O processo implica o preenchimento de um relatório de autoavaliação que responde às dimensões referidas, sustentado em evidências. O modelo adotado para a avaliação institucional segue as quatro fases habituais nos processos de garantia externa da qualidade da A3ES: Elaboração de um relatório de autoavaliação por parte da Instituição; Visitas à IE por parte da Comissão de Avaliação Externa (CAE); Elaboração pela CAE de um relatório preliminar de avaliação institucional, eventual apresentação de contradita pela Instituição e elaboração pela CAE do relatório final; e tomada de decisão por parte do Conselho de Administração da A3ES e divulgação do relatório.

A visita da Comissão de Avaliação Externa (CAE) decorreu nos dias 25 e 26 de setembro de 2023. O Iscte aguarda a decisão do Conselho de Administração da Agência. 

Em julho de 2024, o Conselho de Administração da A3ES decidiu acreditar novamente o Iscte pelo período máximo de 6 anos, sem condições.

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